En esta Linea de Generación y Aplicación del Conocimiento, se realizan investigaciones multi e interdisciplinarias sobre la diversidad, distribución, administración y aprovechamiento sustentable de los recursos y biota acuática orientadas a la conservación de poblaciones, comunidades y socioecosistemas acuáticos tropicales, en el manejo y aprovechamiento sustentable de los recursos acuáticos y en el desarrollo de metodologías y herramientas para investigar, conservar, evaluar y aprovechar los sistemas acuáticos.